Такое поведение некоторых раздражает, меня до недавнего времени это не "напрягало", ибо такие перенаправления для меня редкость.
Немного документации к zsh привели меня в чувства. Поведение это можно изменить опцией CLOBBER
setopt clobber
Так же вне зависимости от настроек можно использовать модификации команд (>! и >|), позволяющие перезаписывать файл не выдавая сообщения об ошибке. Такие модификаторы имеются практически у всех команд перенаправления (>&, &>).
Так как > я использую редко, то остановился на варианте без изменения настроек.