Во многих консольных программах (в том числе в bash, zsh, emacs, mcabber, etc) комбинация клавишь ^a уже используется, но screen её перехватывает, и использование этого сочетания затруднително. Естественно, что разработчики предусмотрели это, и вводить сочетания ^a можно двумя способами:
1) Параметр командной строки e с последующим указанием замены ^a (к примеру, screen -e '^Gg' запустит скрин с управляющей комбинацией ^+g вместо ^+a)
2) Можно передать нажатие ^a прямо из screen, добавив ещё a, т.е. ^+a a отправляет ^+a в текущее окно screen
Всё до банального просто.
Похожие заметки:
Запоздалое введение в GNU Screen
Мой .screenrc с комментариями
Vertical Split for GNU Screen
screen и Ctrl-A в приложениях

По началу было неудобно, т.к. ^l в баше используется. Но со временем привык. Купило тем, что можно с лёгкостью одной правой рукой набирать эту комбинацию (используя конечно же правый control), чего не скажешь о ^g. Да, и не так часто я чищю экран в баше, наверное, всего пару раз использовал...

